Benih-benih rencana mendirikan Bhumiksara pada mulanya tumbuh di kalangan para cendekiawan Indonesia, khususnya mereka yang waktu itu aktif bergabung pada forum Asosiasi Perguruan Tinggi Katolik (APTIK). Mereka itu adalah Drs. Frans Seda, Prof. Dr. A.M. Kadarman, SJ., Prof. Dr. Anton N. Moeliono, Drs. P. Swantoro, Rm. F.X. Danuwinata, SJ., dan Johanes Sadiman, bersama sejumlah tokoh Katolik lainnya.
Pada waktu itu sudah sangat mereka sadari, perkembangan zaman yang ditandai dengan globalisasi, kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi ternyata tidak bisa menjamin kesejahteraan hidup. Dalam perkembangan itu sekaligus pula terdapat arus yang bertentangan dengan nilai-nilai kemanusiaan. Karena terjadi perubahan sosial begitu pesatnya, di masyarakat pun bergeser berbagai macam nilai yang bahkan seringkali malah merendahkan martabat manusia. Pada situasi semacam itu, Gereja ditantang menegaskan eksistensinya di tengah arus perubahan tersebut.
Kelompok awam katolik — khususnya kaum profesional, cendekia merasa terpanggil melaksanakan kerasulan intelektual dan profesional guna menegakkan, menata, dan mengembangkan nilai-nilai kristiani. Semua ini ditujukan agar mereka bisa berperan memberi arah kepada peradaban modern, serta pro-aktif berpartisipasi mencari pemecahan atas berbagai persoalan yang dihadapi masyarakat dan bangsa Indonesia terutama lewat jalur profesi dan kapabilitas intelektualnya.
Maka, pada 20 Maret 1988 didirikanlah Yayasan Bhumiksara, yang artinya garam dunia. Yayasan baru ini kemudian mendapatkan legitimasi hukumnya berdasarkan akte Notaris Miryam Magdalena Indriyani Wiardi, S.H No. 50 bertanggal 22 April 1988 di Jakarta.
Yayasan Bhumiksara selanjutnya menjalankan program pendampingan kader – anggota Rukun Bhumiksara – dengan fokus pada pengembangan spiritualitas dan integritas pribadi serta kualitas kepemimpinan para cendekiawan Katolik. Mereka ini diharapkan bisa melaksanakan gerakan ”penggaraman”. Artinya, gerakan menghayati nilai-nilai kristiani sebagai ”garam dunia”, menyebarkan garam dunia itu dan menanamkannya ke lingkungan masyarakat Indonesia yang tengah giat-giatnya membangun secara fisik